Contraloría ordena a la Muni de San José reglamentar horas extras tras pago de ₡35 millones a secretaria
Una secretaria municipal recibió más de ₡35 millones por el pago retroactivo de horas extras desde 2007, debido a que trabajaba en las sesiones del Concejo Municipal fuera de su horario laboral. Ante este caso, la Contraloría General de la República (CGR) ordenó a la Municipalidad de San José reglamentar el pago de tiempo extraordinario para todos sus funcionarios.
La Contraloría inició la investigación tras una denuncia por el pago de horas extra en este caso. Como resultado, estimó pertinente dictar una orden sobre el tema el pasado 13 de marzo.
La disposición fue girada a los miembros del Concejo Municipal y al alcalde, Luis Diego Miranda Méndez, para que coordinen, al menos, los siguientes cambios:
- Establecer controles para reducir el riesgo de asumir pagos retroactivos en períodos presupuestarios distintos a aquel en que se autorizó la jornada extraordinaria.
- Implementar mecanismos para la verificación documental del tiempo efectivamente laborado fuera del horario ordinario.
- Definir procedimientos que incluyan soluciones legales para atender necesidades previsibles, rutinarias y frecuentes que requieran el uso de recurso humano fuera del horario institucional.
- Verificar el cumplimiento de lo previsto en el artículo 40 del Código Municipal.
- Definir, formalizar e implementar un protocolo para la gestión de la jornada laboral extraordinaria en los servicios de la Secretaría del Concejo Municipal y de cualquier otro funcionario cuya labor requiera su permanencia durante las sesiones municipales.
Para dar por acatada esta orden, la CGR debe recibir una certificación, a más tardar el 31 de mayo de 2026, que confirme la publicación del reglamento en el Diario Oficial La Gaceta.
El acatamiento de lo ordenado es obligatorio y queda bajo la exclusiva responsabilidad del alcalde municipal atender oportunamente lo solicitado. Contra la orden caben los recursos ordinarios de revocatoria y apelación, que deberán interponerse dentro del tercer día a partir de la fecha de recibo de esta comunicación.
El caso
El 6 de julio de 2023, la secretaria del Concejo Municipal, Ileana María Acuña Jarquín, presentó un reclamo administrativo ante el entonces alcalde Johnny Araya Monge. Solicitó el pago de horas extras trabajadas desde su ingreso en diciembre de 2007, por concepto de asistencia a sesiones municipales.
El 13 de julio de 2023, Araya Monge remitió el reclamo al director de Talento Humano para la emisión de un dictamen.
El 31 de julio de 2023, el director indicó: "En aras de no comprometer fondos públicos, se requiere del elemento probatorio que le dé certeza a esta Dirección sobre las horas de finalización de cada una de las sesiones del Concejo Municipal".
El 10 de octubre de 2023, el director se dirigió al Concejo Municipal para referirse al tiempo extraordinario tanto del auditor interno como de la secretaria. En su criterio recomendó:
"Se valore la posibilidad de realizar una modificación al horario de ambos colaboradores para los días en que el Concejo Municipal sesiona regularmente. Lo anterior, por cuanto la ampliación de la jornada para este tipo de colaboradores debe obedecer a una situación excepcional. De no modificarse el horario, se convertiría en una práctica habitual el reconocimiento de jornada extraordinaria, lo que violentaría los límites legales y pondría en riesgo la salud física y mental del servidor".
El 8 de noviembre de 2023, el alcalde Johnny Araya Monge autorizó el pago de las horas extras especificadas por la Dirección de Talento Humano.
El 7 de mayo de 2024, la Secretaría Municipal presentó un reporte de horas extras con corte a enero de 2024, por un monto de ₡27.055.282,87.
El 9 de mayo de 2024, el director de Talento Humano respondió una solicitud de información de la Contraloría. Indicó que la secretaria del Concejo está exenta del control de marcas y que el cálculo de horas extras se realizó con base en la asistencia consignada en las actas.
El 10 de mayo de 2024, el director informó al actual alcalde, Luis Diego Miranda Méndez, que en octubre de 2023 había sugerido ajustar el horario de la funcionaria en días de sesión.
El 28 de agosto de 2024, Acuña Jarquín presentó un reclamo administrativo ante Miranda Méndez, solicitando el pago retroactivo adicional de ₡3.703.938,56, correspondiente a un monto parcial reconocido previamente. También pidió la reactivación del pago de horas extras dejado de percibir en agosto de 2024.
El 19 de febrero de 2025, el alcalde Miranda Méndez suscribió una circular para regular el manejo, uso y pago del tiempo extraordinario en la municipalidad.
En esta se establece que, para reportar tiempo extraordinario, cada funcionario debe consignar:
- Fecha en que se realizó el trabajo.
- Horario completo del día (entrada y salida).
- Cantidad de horas por tipo (tiempo y medio o doble).
- Detalle de tareas realizadas y ubicación geográfica.
- Firma de la jefatura y del funcionario.
- Bitácora de respaldo por parte de cada jefatura.
- Ajuste de jornada cuando se trate de labores ordinarias previsibles, para evitar el cómputo de tiempo extraordinario.
- Justificación en caso de trabajo extraordinario por situaciones excepcionales o impostergables.
Para el 29 de mayo de 2025, el jefe de la Sección de Compensación y Beneficios certificó que se tramitó el pago del reclamo administrativo, por un total de ₡35.165.890,11.
El 15 de diciembre de 2025, se hizo constar que la secretaria labora en horario administrativo de lunes a jueves de 7:30 a.m. a 4:00 p.m. y los viernes de 7:30 a.m. a 3:30 p.m.
Análisis de la Contraloría
Los antecedentes evidencian una práctica administrativa que ha permitido el pago recurrente de horas extraordinarias a la secretaria del Concejo Municipal, detalló la CGR.
Esta situación ocurre desde 2007 y ha generado reclamos retroactivos y pagos parciales, debido a la falta de contenido presupuestario para atender estos rubros.
Esto ha derivado en un millonario desembolso por parte del ayuntamiento, que ha obligado a realizar ajustes presupuestarios y a reducir partidas para cubrir estos pagos.
La Contraloría recordó que la jornada extraordinaria debe ser excepcional y temporal, destinada a tareas especiales, imprevistas e impostergables, conforme al artículo 58 de la Constitución Política, dictámenes de la Procuraduría General de la República y jurisprudencia laboral.
Además, señaló que la asistencia a las sesiones del Concejo Municipal es una actividad ordinaria, periódica y previsible, por lo que no cumple con el requisito de excepcionalidad.
El informe advierte que convertir este pago en una práctica habitual desnaturaliza su finalidad, incrementa el gasto público y pone en riesgo la estabilidad financiera municipal ante cobros retroactivos no programados.
Asimismo, el ente contralor indicó que la Dirección de Talento Humano ya había recomendado ajustar los horarios para evitar esta práctica.
Finalmente, la Contraloría concluyó que, aunque existe una directriz administrativa, esta debe ser respaldada por un reglamento formal para reforzar el control sobre el reconocimiento del tiempo extraordinario.