Leclerc terminó por delante del mexicano Sergio Pérez (Red Bull) y del británico Lewis Hamilton (Mercedes).
Max Verstappen (Red Bull), que el domingo tendrá la primera oportunidad de proclamarse campeón del mundo por segundo año consecutivo, partirá octavo.
El neerlandés tiene 116 puntos de ventaja en la general antes de la disputa de la que es la 17ª carrera de las 22 que completan la temporada.
Los españoles Carlos Sainz (Ferrari) y Fernando Alonso (Alpine) ocuparán la cuarta y la quinta plaza en la parrilla de salida en esta primera carrera en Asia tras dos temporadas de ausencia debido a la pandemia.
Es una pista que secaba después de las fuertes lluvias de la jornada, la clasificación se presentaba tramposa para los pilotos, con la elección de los neumáticos siendo determinante.
"Las clasificaciones fueron muy delicadas. En Q3 (última parte de la clasificación) no sabíamos qué hacer, hemos optado por los neumáticos blandos en el último minuto", reconoció Leclerc.
Clasificación Top 10
1. Charles Leclerc (MON/Ferrari) 1:49.412
2. Sergio Pérez (MEX/Red Bull) 1:49.434
3. Lewis Hamilton (GBR/Mercedes) 1:49.466
4. Carlos Sainz Jr (ESP/Ferrari) 1:49.583
5. Fernando Alonso (ESP/Alpine-Renault) 1:49.966
6. Lando Norris (GBR/McLaren-Mercedes) 1:50.584
7. Pierre Gasly (FRA/AlphaTauri-Red Bull) 1:51.211
8. Max Verstappen (NED/Red Bull) 1:51.395
9. Kevin Magnussen (DEN/Haas-Ferrari) 1:51.573
10. Yuki Tsunoda (JPN/AlphaTauri-Red Bull) 1:51.983